霍金的晚年著作《大设计》这本书中就提出了他的新观点:上帝不需要存在，宇宙可以通过自身的物理法则自发生成。霍金引用了万有引力等自然法则的存在,说明了宇宙能够，而且一定是从无中生有的。这样的看法，彻底的将他早期所保留的立场改变了，更加突出了科学在解开宇宙起源之谜上的作用和能力。霍金特别指出，牛顿提出的上帝是宇宙的第一推动力，这一观点已经过时了，现代科学已经掌握了足够的理论和工具，对宇宙的起源和运作进行解释。
晚年，霍金还引入了多重宇宙的概念，认为我们所生存的这个宇宙并不是独一无二的，可能还有无数个宇宙同时存在，每一个宇宙都有属于自己的物理定律。在这样的理论下，宇宙的诞生不再是神秘的，而是必然的结果。霍金认为宇宙诞生的大爆炸，实际上并不是由外力所推动的，是必然的物理法则。霍金的这个观点，进一步的将上帝存在的必要性削弱了。

霍金的遗作《最大问题的简明回答》当中也再次对上帝很可能不存在这个理论进行了重申，他表示没有人能够指导宇宙，上帝并不存在，霍金更愿意相信宇宙的一切都是通过自然规律以另外的一种方式来产生和解释的。这样的结论证明了霍金对科学的坚定信仰，也展示了对于宇宙奥秘霍金有着执着的探索精神。