乾隆朝重修《明史》，在靖难那一段加了一句改动：朱棣遣中使出 “后尸” 于火中，”诡言帝尸”。这句话把矛头指向了 1402 年那场皇宫大火里被抬出来的那具烧焦的尸体 —— 按这个记载，火堆里找到的其实是建文帝皇后的尸体，被朱棣当场指认为建文帝，就此宣布皇帝已死。

官方说法最早写在《明太宗实录》里。建文四年六月初三，燕王朱棣大军开进南京金川门，直奔皇宫。史官追述，朱允炆本想出城迎接，左右的人却都跑了，身边只剩几名内侍，年轻皇帝说了句 “我何面目相见耶”，遂 “阖宫自焚”。朱棣见大火熊熊，命人施救，太监从火堆中扒出一具烧焦的尸体回报，朱棣对着尸体大哭，说你为何自焚。尸体已经焦黑，谁也认不出面目，朱棣当场认定这就是建文帝。

这套说辞有对不上的地方。既然朱棣按天子之礼安葬了 “建文帝”，历史上却查不到建文帝的陵墓。到了崇祯年间，有人上书请求祭祀建文帝，崇祯帝回了一句：建文无陵，从何处祭。一座没有记载的皇陵，成了官方自焚说的一处暗缝。

出亡的说法由此流传了几百年。《明史》在不同地方反复写着 “或云帝由地道出亡”” 或曰帝乃为僧出亡 “。流传最广的版本出自明朝中后期史彬《致身录》、程济《从亡日记》—— 尽管后世不少学者认为这两部书是伪作。按这个说法，金川门失守当天，朱允炆想自杀，翰林编修程济拉住他，说自杀不如流亡。有人记起朱元璋临终留下过一个红匣，砸开锁，里面是三张度牒，写着” 应文 “”应能”” 应贤 “，还有袈裟、剃刀、僧鞋和银元宝。朱允炆当场剃发，法号” 应文 “，从皇宫鬼门暗道出逃，杨应能、叶希贤随之剃度，分走水关御沟，约定在神乐观会合。二十多人分头踏上流亡之路。

朱棣对这套传闻的反应，写在两条寻踪线上。海路，他派郑和下西洋。《明史・郑和传》记得很直白：朱棣 “疑惠帝亡海外，欲踪迹之”，寻找建文帝是郑和出洋的主要原因。郑和每次下西洋船上都带着近三万军士，这个规模远远超出了外交使团的惯例。陆路，朱棣派户科都给事中胡濙，名义上寻访仙人张三丰，实际 “隐察建文帝安在”。胡濙在外跑了十几二十年，连母亲去世都没回家守丧。

永乐二十一年（1423 年），胡濙风尘仆仆回朝。那时朱棣正亲征漠北，人在宣府镇。胡濙连夜驰赴宣府，赶到时已是深夜，朱棣已经就寝，听闻胡濙到了，立刻起床召入，君臣密谈，漏下四鼓才出来。正史只写了这一句结果：朱棣 “至是疑始释”。同一年，郑和第六次下西洋回国，此后直到永乐朝结束再未出海。海陆两条线在同一年收拢，建文帝的下落，按朱棣的判断就此画上句号 —— 他认定建文帝要么已死，要么已出家放弃了复位。

朱棣对建文朝的清洗，是这段悬案的另一层底色。建文帝的皇太子朱文奎当年 7 岁，朱棣攻入南京后 “莫知所终”，凭空失踪；两岁的小儿子朱文圭被幽禁在凤阳，一直到明英宗时期才获释，那时他已 50 多岁。建文朝的旧臣，据说高官 400 多人集体出逃，只有 20 多人向朱棣称臣。

平反同样拖了几百年。万历年间，明神宗在群臣推动下，先为方孝孺等建文朝死难之臣平反，在南京建表忠祠，又同意恢复建文年号，把被抹掉的 4 年还给了建文朝。一直到南明弘光朝，建文帝的实录、谥号、庙号和祀典才被补齐，他的帝王身份才算完全恢复。抹掉一段历史容易，恢复一段历史，前后用了两百年。

围绕下落的传闻也越传越多。有说法称建文帝出亡后在杭州、云南、贵州等地为僧，西南许多地方留存着与建文帝有关的传说和遗迹。明英宗时期，广西思恩州一个老和尚跑到知州面前自称建文帝，还口诵两首帝王气十足的诗，被送到北京，结果对不上年龄 —— 建文帝生于洪武十年，那年应 64 岁，老和尚自称九十多，一查是个叫杨应祥的冒名者，被处死。张居正当年回答万历皇帝的追问，代表的是明朝半官方态度：建文君确实化妆成僧人从密道出亡，云游四方，没人知道他究竟去了哪里。

1402 年那场大火烧到今天，六百多年过去，自焚说与出亡说各执一词，官方档案里那具烧焦的尸体到底是谁，始终没有定论。建文帝的下落，至今还是中国历史上没有解开的一道题。